První písemná zmínka o škole, respektive o výuce ve Vysokém nad Jizerou, pochází již z roku 1629. To je zmiňován rektor vysocké školy Jan.

Ucelenější obraz nám přináší první školní kronika, vedená v letech 1829 - 1885. Její první zapisovatel, učitel Josef Ďoubalík, hned na začátku zaznamenal jména svých čtyř předchůdců. U dvou dodává některá data, která nás mohou zavést o krok blíže k datu  počátku řádné výuky v našem městě.

Škola ve Vysokém byla první a dlouho i jedinou v okolí. Docházely sem děti z blízké Staré Vsi, Sklenařic a Tříče a později byl přiškolen i Stanový. Například roku 1790 činil celkový počet žáků 353. Roku 1812 byly tyto obce od vysocké farní školy odškoleny a založily si každá vlastní školu triviální. V letech 1830 - 1846 se počty žáků pohybovaly od 210 do 276.

Školní budova, jak ji známe dnes, neexistovala. Vyučovalo se v jakékoliv větší místnosti, která zrovna byla ve městě k mání, nezřídka i u učitele doma. První škola, tzv. "stará škola",  byla dřevěná, stávala v Zákostelí, měla čp. 6 a byla vystavěna městem za učitele Josefa Kramáře a učit se v ní přestalo kolem roku 1815. Opět se vyučovalo v soukromých domech, a to i v několika současně, protože bylo zřízeno kvůli vysokému počtu žáků více tříd. Při velkém požáru města v červenci 1834 shořely též všechny pomůcky a vybavení tříd. Roku 1855 se začalo vyučovat v nové školní budově (čp. 140).

V 70. letech 19. století se začalo vážně uvažovat o stavbě nové velké školní budovy. Záležitost zabrala docela dosti času, neboť se řešila finanční otázka. Zazněl i takový výrok, a to dokonce z úst jednoho radního, že "město zdejší učených žebráků nepotřebuje". Nakonec obdrželo město Vysoké státní subvenci a přispělo částkou, kterou získalo vybíráním tzv. pivního krejcaru (krejcar "přiražený" k ceně piva) a 17. května 1881 se začalo stavět. Již v listopadu byla hrubá stavba hotová. 3. září 1882, ještě před začátkem školního roku (neboť tehdy začínal v polovině září), byla slavnostně vysvěcena a otevřena.

V 90. letech 19. století byly ve Vysokém zřízeny měšťanské školy. Roku 1893 chlapecká, o čtyři roky později i dívčí. Měšťanské školy poskytovaly další, vyšší vzdělání pro děti, které nešly na školu střední.

Větší rekonstrukce proběhla na přelomu 60. a 70 let 20. století, kdy se vyměňovaly stropy.

Roku 2014 bylo dokončena výměna oken a zateplování budovy.